Počeci Sekcije za školske knjižnice sežu u 1973. godinu kada je na godišnjoj skupštini Hrvatskog bibliotekarskog društva u Rijeci predloženo njezino odvajanje od Sekcije za dječje i školske knjižnice jer se unatoč mnogim dodirnim točkama ove dvije vrste knjižnica razlikuju u pristupu korisnicima, ciljevima i zadaćama. Ideja je realizirana 1978. godine kada se osniva Sekcija jer su školske knjižnice postale bibliotečno-informacijski centri (BIC) i kao takve ulazile u BIS (bibliotečno-informacijski sustav) koji je organiziran pod vodstvom Nacionalne i sveučilišne biblioteke u Zagrebu. Sekcija aktivno radi na izradi Standarda za rad školskih knjižnica, zalaže se za stalno stručno usavršavanje školskih knjižničara, a zahvaljujući dugogodišnjem radu i zalaganju članova Sekcije i Proljetnoj školi školskih knjižničara (već 20 godina jedinstven oblik stručnog usavršavanja), školski su knjižničari postali priznatiji kao knjižnični stručnjaci, njihova mišljenja i prijedlozi se uvažavaju.

Od 1997. godine u sastavu Sekcije su Komisija za osnovnoškolske i Komisija za srednjoškolske knjižnice, a u njezin rad se po potrebi uključuju i vanjski članovi. Sekcija radi kroz radne grupe, savjetovanja, seminare, okrugle stolove i radionice.

2002. godine odlukom Stručnog odbora HKD-a Sekcija za školske knjižnice ponovno postaje Komisija, a odlukom Stručnog odbora na 34. Skupštini HKD-a u rujnu 2004. godine Komisija ulazi u Sekciju za narodne i školske knjižnice.

Na prijedlog Stručnog odbora, Skupština je 2008. godine donijela odluku o izdvajanju Komisije za školske knjižnice iz Sekcije za narodne, te je tako opet oformljena Sekcija s dvije komisije, za osnovne i srednje škole.