Osnovana je 1986. godine sa zadatkom da rješava specifične probleme medicinskih knjižnica. Tada nosi naziv Sekcija za medicinske knjižnice. Od 1992. godine, nakon odluke HKD-a da se nazivi stručnih tijela usklade s nazivima sekcija i komisija IFLA-e, postaje Komisija za medicinske knjižnice i u sastavu je Sekcije za specijalne i visokoškolske knjižnice.

Komisija predstavlja sve knjižnice i njihove djelatnike s područja biomedicine:

• knjižnice medicinskog, stomatološkog, veterinarskog, farmaceutskog područja,
• knjižnice bolnica i drugih zdravstvenih ustanova.

Komisija zastupa djelatnike medicinskih knjižnica i njihova prava i interese struke. Brine o razvoju i kakvoći rada ove vrste knjižnica, kroz različite programe i sl. Komisija potiče djelatnike medicinskih knjižnica na međusobno razmjenjivanje informacija s područja biomedicinske literature ili kroz organizaciju stručnih sastanaka.
Komisija aktivno i trajno podržava projekte čiji je cilj izgradnja informacijskog sustava za prikupljanje, obradu, objavu, pohranu i pretraživanje znanstvenih informacija u području biomedicine.
Krajem 2006.g. formirana je Radna grupa za bolničke knjižnice u cilju što učinkovitijeg rješavanja specifične problematike kliničkih, odnosno bolničkih knjižnica (standardi za specijalne - bolničke knjižnice, koordinirana nabava tiskane periodike, uloga bolničke knjižnice u znanstvenom i stručnom radu matične ustanove, uloga bolničke knjižnice u razvoju knjižnice za bolesnike, itd.).